Kotetsushin Jeeg a lieu cinquante ans après l’original et dispose de nouveaux personnages. Le principal est Kenji Kusanagi, un lycéen qui devient Kotetsushin Jeeg pour se battre contre le “Haniwa Genjin” (“Haniwa le Dieux des Fantômes”, ou des robots d’argile) de l’Empire Jamada gouverné par la Reine Himika. Des personnages de la série originale apparaissent également.