L’histoire de Yoru no Yatterman se déroule dans le Royaume de Yatterman, une terre contrôlée par les alliés de la justice, les Yatterman. Afin de sauver sa mère gravement malade, une fille de neuf ans décide de se rendre en ce lieu pour y obtenir de l’aide. Les choses ne se déroule comme elle l’imagine et sa mère décédde sans obtenir l’aide de qui que ce soit…