Malgré la mort de Saber, Shirô continue d'enquêter sur la fameuse ombre qui semble être liée à Matô Zôken afin de découvrir son objectif.
Cependant, lorsque Shirô rentre chez lui, Sakura a disparu. De plus, il reçoit un mystérieux appel de Shinji lui ordonnant de le rejoindre à l'école. Quel coup bas prépare-t-il ?