L'histoire se déroule sur une île, où un "Système Fractale" commence à s'effondrer. Un jour, Clain trouve une fille blessée appelée Phryne sous une falaise. Elle disparaît en laissant un pendentif. Clain part en voyage avec l'avatar en forme de fille Nessa pour chercher Phryne et découvre le secret du système Fractale.