Kamizaka Haruhi ayant été sauvée quand elle était jeune par un mage, elle avait envie d’être elle-même mage, alors elle s’est inscrite dans une école spéciale qui permet des cours réguliers et magiques en deux sections différentes. Avec sa rivale/meilleure amie, Hiiragi Anri, ils étudient la magie ensemble pendant qu’elle cherche le garçon qui l’a sauvée il y a des années, pour lui donner un chocolat de la Saint-Valentin.