Madlax est le nom de code d’une jeune fille dont le travail est tueuse professionnelle. Dans le pays en guerre civile de Gazth-Sonika, Madlax a une réputation de mercenaire aux capacités surnaturelles.En parallèle, dans le pays de Nafrece, Margaret Burton est une jeune lycéenne issue du milieu aristocratique vivant une vie paisible avec sa servante Eleanor.