L’année est T.C. 4767. Quatre mille ans se sont écoulés depuis que l’humanité a abandonné son lieu de naissance, la planète Terre. En proie à la Gnose extraterrestre hostile, l’humanité s’efforce maintenant de trouver des moyens de vaincre cette menace qui pèse sur leur existence. Le développement de KOS-MOS (un androïde spécialisé avec des capacités étonnantes) par l’ingénieur Vector Shion Uzuki était une réponse à la menace. Mais lorsque leur vaisseau est détruit par la Gnose, Shion et ses compagnons se retrouvent plongés au milieu d’une bataille sans côtés clairs …